O corpo governante da Sociedade é conhecido como o Alto Conselho composto pelos Muito Dignos Fratres da Terceira Ordem (IX e VIII), e também pelos coordenadores distritais (Chief Adeptus) que não sejam membros da Terceira Ordem.
O governante máximo da Sociedade é o Supremo Magus, que é intitulado “Muito Digno e Honorável Frater”. O Supremo Magus é apoiado na gestão corrente por dois Supremus Magi Substitutos, por um Grande Tesoureiro e por um Grande Secretário, todos eles eleitos pelo Alto Conselho.
As estruturas subordinadas da SRIL são chamadas “Colégios”, sendo cada um governado, por um Chief Adeptus, nomeado pelo Supremo Magus.
A SRIL tem as seguintes estruturas:
- Colégio Metropolitano
- Portugal:
- Colégio Thurman Pace
- Colégio Atanor
- Colégio Pedro Nunes (sob Dispensa)
- Itália:
- Colégio Etere
- Colégio Sephiroth
- Colégio Rebis
- Espanha:
- Círculo de Estudios Rosa Cruz Moisés de León
As Cerimónias rituais do Colégio são dirigidas por um Celebrante apoiado por Oficiais segundo uma estrutura definida e hierarquizada.
O Supremo Magus tem um Colégio próprio, o Colégio Metropolitano.