Muitos autores especulam sobre as mais diferentes origens da Ordem Rosa Cruz. Uns deles mesmo indicam a sua origem num passado imemorial, pois a sua essência não advém da natureza das coisas materiais, sendo tão antiga quanto a criação do mundo já que ela é uma função imaterial da alma da Terra. A própria Fama Fraternitatis faz referência à sua fonte, citamos: “A nossa filosofia não é nada de novo, é conforme com a que Adão herdou após a Queda e que foi praticada por Moisés e Salomão”.
Igualmente, são apresentadas, como presumíveis, origens egípcias, persas, essénias, templárias, árabes, ou até a Ordem do Tosão de Ouro, ou os Jesuítas.
Numa posição diametralmente oposta, estão aqueles que pensam que a Ordem é pura invenção dum conjunto de intelectuais, que se reuniam em Tübingen na Floresta Negra, preocupados em fazer os seus contemporâneos refletir sobre o destino da humanidade.
Em 1614 a publicação da “Fama Fraternitatis” revelou a existência de uma sociedade esotérica: A Rosa-Cruz. Vivia-se uma época que, como hoje, era marcada por grandes descobertas científicas e sangrentos conflitos religiosos. A fraternidade fundada pelo lendário Christian Resenkreuz propunha-se, através de conhecimentos ancestrais, reorganizar a sociedade europeia em crise.
Desde o séc. VIII, muitos Maçons foram Rosacruzes, alguns Rosacruzes criaram organizações maçónicas e o contrário também ocorreu mostrando que, no fundo, todos procuraram mais LVX ao longo dos tempos, por vias diferentes, que aqui e ali se cruzaram.
Há registo de Walter Spencer ter sido iniciado na Escócia por Anthony Oneil Haye em 1857, e há documentos nos arquivos da Societas Rosicruciana in Anglia (SRIA) que mostram que Robert Wentworth Little e William J. Hughan foram iniciados em 1866 e 1867 por Anthony O’Neal Haye, Magus Max, numa Sociedade Rosacruz Escocesa de Edimburgo, em que H.H.M. Bairnfathur assinou como Secretário.
A primeira Societas Rosacruciana recrutando os seus membros na Maçonaria surgiu em 1866 na Inglaterra, por Robert Wentworth Little, tesoureiro da United Grand Lodge of England, no seguimento da sua iniciação na Escócia. Ele elaborou os rituais da Societas Rosicruciana in Anglia (SRIA) a partir de rituais encontrados na biblioteca do Freemason´s Hall; adotou a hierarquia da Ordem Maçónica da Rosa-Cruz de Ouro de Antigo Sistema que reivindicava a sua filiação no Sacerdote Egípcio Ormus, batizado por S. Marcos, que teria cristianizado os Mistérios do Egipto; e limitou a filiação a Mestres Maçons Cristãos.
Em 24 de outubro de 1873, a SRIA considerou necessário conceder uma carta patente à atual Societas Rosicruciana in Scotia, tal como hoje existe, donde a polémica sobre qual a mais antiga.
A Societas Rosicruciana in Civitatibus Foederatis (SRICF), com jurisdição nos EUA, foi criada com carta patente da SRIS em 1880, após várias tentativas anteriores, que remontam a 1873.
A Constituição da Societas Rosacruciana in Lusitania ocorreu no dia 5 de outubro de 2002, na Igreja de Santiago do Castelo de Palmela. A cerimónia de proclamação da SRIL e investidura do Supremo Magus foi presidida pelo M.W. Thurman Cleveland Pace Jr., IX, da SRICF. Desde 2009 a SRIL alargou a sua atividade para Itália, onde atualmente tem 3 Colégios. Outros Fratres, em diferentes países onde não existem Colégios ou que desejam ter dupla filiação, estão ligados individualmente aos Colégios da SRIL em Portugal e Itália.
Em resumo: A ascendência da SRIL é direta dos mais antigos Rosa Cruzes: Primitiva Sociedade RosaCruz Escocesa => Anglia => Scotia => Civitatibus Foederatis => Lusitania. As quatro Societas mantém relações de amizade e de estrita cooperação.