El órgano de gobierno de la Sociedad se denomina Consejo Superior y está compuesto por los Dignísimos Fratres de la Tercera Orden (IX y VIII), así como por los coordinadores de distrito (Adeptus Jefes) que no son miembros de la Tercera Orden.

El máximo responsable de la Sociedad es el Magus Supremo, que recibe el título de “Muy Digno y Honorable Frater”. El Magus Supremo es apoyado en la gestión diaria por dos Magos Supremos Suplentes, un Gran Tesorero y un Gran Secretario, todos ellos elegidos por el Alto Consejo.

Las estructuras subordinadas de la SRIL se denominan “Colegios”, cada uno de los cuales está gobernado por un Adeptus Jefe, nombrado por el Magus Supremo.

La SRIL cuenta con 3 colegios en cada uno de los distritos:

  • Portugal Norte, Centro y Sur.
  • Italia, Norte, Centro y Sur.

Las ceremonias rituales del Colegio están dirigidas por un Celebrante apoyado por Oficiales según una estructura definida y jerarquizada.

El Mago Supremo tiene su propio Colegio, el Colegio Metropolitano.