O corpo governante da Sociedade é conhecido como o Alto Conselho composto pelos Muito Dignos Fratres da Terceira Ordem (IX e VIII), e também pelos coordenadores distritais (Chief Adeptus) que não sejam membros da Terceira Ordem.
O governante máximo da Sociedade é o Supremo Magus, que é intitulado “Muito Digno e Honorável Frater”. O Supremo Magus é apoiado na gestão corrente por dois Supremus Magi Substitutos, por um Grande Tesoureiro e por um Grande Secretário, todos eles eleitos pelo Alto Conselho.
As estruturas subordinadas da SRIL são chamadas “Colégios”, sendo cada um governado, por um Chief Adeptus, nomeado pelo Supremo Magus.
A SRIL tem 3 Colégios em cada um dos Distritos:
- Portugal Norte, Centro e Sul.
- Itália, Norte, Centro e Sul.
As Cerimónias rituais do Colégio são dirigidas por um Celebrante apoiado por Oficiais segundo uma estrutura definida e hierarquizada.
O Supremo Magus tem um Colégio próprio, o Colégio Metropolitano.