O corpo governante da Sociedade é conhecido como o Alto Conselho composto pelos Muito Dignos Fratres da Terceira Ordem (IX e VIII), e também pelos coordenadores distritais (Chief Adeptus) que não sejam membros da Terceira Ordem.

O governante máximo da Sociedade é o Supremo Magus, que é intitulado “Muito Digno e Honorável Frater”. O Supremo Magus é apoiado na gestão corrente por dois Supremus Magi Substitutos, por um Grande Tesoureiro e por um Grande Secretário, todos eles eleitos pelo Alto Conselho.

As estruturas subordinadas da SRIL são chamadas “Colégios”, sendo cada um governado, por um Chief Adeptus, nomeado pelo Supremo Magus.

A SRIL tem as seguintes estruturas:

  • Colégio Metropolitano
  • Portugal:
    • Colégio Thurman Pace
    • Colégio Atanor
    • Colégio Pedro Nunes (sob Dispensa)
  • Itália:
    • Colégio Etere
    • Colégio Sephiroth
    • Colégio Rebis
  • Espanha:
    • Círculo de Estudios Rosa Cruz Moisés de León

As Cerimónias rituais do Colégio são dirigidas por um Celebrante apoiado por Oficiais segundo uma estrutura definida e hierarquizada.

O Supremo Magus tem um Colégio próprio, o Colégio Metropolitano.