Muchos autores especulan sobre los diferentes orígenes de la Orden de la Rosa Cruz. Algunos incluso indican que su origen proviene de la historia inmemorable, porque su esencia no se encuentra en la naturaleza de las cosas materiales, porque es tan antigua como la propia creación del mundo, y tiene una función inmaterial en el alma de la Tierra. La misma Fama Fraternitatis se refiere a la fuente al decir: “Nuestra filosofía no es para nada nueva, ya que está alineada tanto con lo que heredó Adán tras la Caída como con lo que fue practicado por Moisés y Salomón.”
De la misma manera, los orígenes egipcios, persas, esenios, templarios y árabes, o incluso los de la Orden del Toisón de Oro, o de los jesuitas son presumiblemente sus fuentes.
Por otro lado, están los que piensan que la Orden es una pura invención de un grupo de intelectuales, que se reunieron en la Selva Negra de Tübingen, y que se preocupaban por hacer reflexionar a sus contemporáneos sobre el destino de la humanidad.
En 1614, cuando se publicó Fama Fraternitatis, se reveló la existencia de una sociedad esotérica, la Orden de la Rosa Cruz. Aquellos tiempos, igual que hoy en día, fueron marcados tanto por grandes descubrimientos científicos como por sangrientos conflictos religiosos. La fraternidad, fundada por el legendario Christian Rosenkreuz, proponía, a través de una sabiduría ancestral, la necesidad de reorganizar la sociedad europea, que se encontraba en una profunda crisis.
Desde el siglo XVIII muchos Francmasones eran Rosacruces y algunos Rosacruces crearon organizaciones masónicas, y viceversa. Eso demostraba que, al final, todos buscaban más LVX a lo largo del tiempo, y mediante distintos caminos que, de vez en cuando, se cruzaban.
Existe evidencia de que Walter Spencer fue iniciado en Escocia por Anthony O´Neil Haye en 1857. También existen documentos en los archivos de la Societas Rosicruciana in Anglia (SRIA) que demuestran que Robert Wentworth Little y William J. Hughan fueron iniciados en 1866 y 1867 por Anthony O´Neil Haye, Magus Max, en la Sociedad Rosacruz Escocesa de Edimburgo, donde H.H.M. Bairnfathur firmó como secretario.
La primera vez que la Societas Rosicruciana empezó a reclutar miembros en las filas de la Francmasonería fue en 1866 en Inglaterra con Robert Wentworth Little, el Tesorero de la Gran Logia Unida de Inglaterra, tras su iniciación en Escocia. Él desarrolló los rituales de Societas Rosicruciana in Anglia (SRIA) a partir de los rituales que encontró en la biblioteca de Freemasons´ Hall. Adoptó la jerarquía de la masónica Orden de la Cruz Rosa y Dorada, ya que su Viejo Sistema reivindicaba su vínculo al Sacerdote egipcio Ormus, bautizado por San Marcos, y que habría cristianizado los misterios de Egipto. También limitó la membresía en la Orden solamente a Maestros Masones cristianos.
El 24 de octubre de 1873, SRIA consideró necesario otorgar la carta patente a la actual Societas Rosicruciana in Scotia (SRIS), tal y como existe hoy, y de ahí viene la controversia sobre cuál de las dos es la más antigua.
Societas Rosicruciana in Civitatibus Foederatis (SRICF) tiene la jurisdicción sobre EEUU y fue creada a través de la carta patente de SRIS en 1880, después de varios intentos, que comenzaron en 1873.
La Societas Rosicruciana in Lusitania (SRIL) fue fundada el 5 de octubre de 2002 en la Iglesia de Santiago en el Castillo de Palmela. La ceremonia de proclamación de SRIL y la investidura del Supremo Mago fue dirigida por M.W. Thurman Cleveland Pace Jr., IXº de SRICF. Desde el año 2009 SRIL ha expandido su actividad a Italia, donde cuenta actualmente con tres Colegios. Otros Fratres de países donde no hay Colegios o que desean tener doble afiliación están vinculados individualmente a los Colegios de SRIL en Portugal y en Italia.
En resumen, la ascendencia de SRIL está directamente conectada con los Rosacruces más antiguos, la Primitiva Rosa Cruz – la Sociedad Escocesa – SRIA – SRIS – SRICF – SRIL. Las cuatro Sociedades mantienen relaciones amistosas y una estrecha colaboración.