L’organo di governo della Società è conosciuto come l’Alto Consiglio composto dai Fratelli più degni del Terzo Ordine (IX e VIII), e anche dai coordinatori di distretto (Capo Adeptus) che non sono membri del Terzo Ordine.

Il sovrano ultimo della Società è il Magus Supremo, che si chiama “Worthy and Honourable Frater”. Il Magus Supremo è supportato nella gestione quotidiana da due Magi Supremi Sostituti, un Gran Tesoriere e un Gran Segretario, tutti eletti dall’Alto Consiglio.

Le strutture subordinate della SRIL sono chiamate “Collegi”, ciascuno governato da un Adeptus Capo, nominato dal Magus Supremo.

La SRIL ha le seguenti strutture:

  • Collegio Metropolitano
  • Portogallo:
    • Collegio Thurman Pace
    • Collegio Atanor
    • Collegio Pedro Nunes (con Dispensa)
  • Italia:
    • Collegio Etere
    • Collegio Sephiroth
    • Collegio Rebis
  • Spagna:
    • Circolo di studio Rosa Cruz Moisés de León

Le cerimonie rituali del Collegio sono dirette da un Celebrante sostenuto da Ufficiali secondo una struttura definita e gerarchica.

Il Magus Supremo ha il suo Collegio, il Collegio Metropolitano.