L’organo di governo della Società è conosciuto come l’Alto Consiglio composto dai Fratelli più degni del Terzo Ordine (IX e VIII), e anche dai coordinatori di distretto (Capo Adeptus) che non sono membri del Terzo Ordine.
Il sovrano ultimo della Società è il Magus Supremo, che si chiama “Worthy and Honourable Frater”. Il Magus Supremo è supportato nella gestione quotidiana da due Magi Supremi Sostituti, un Gran Tesoriere e un Gran Segretario, tutti eletti dall’Alto Consiglio.
Le strutture subordinate della SRIL sono chiamate “Collegi”, ciascuno governato da un Adeptus Capo, nominato dal Magus Supremo.
La SRIL ha le seguenti strutture:
- Collegio Metropolitano
- Portogallo:
- Collegio Thurman Pace
- Collegio Atanor
- Collegio Pedro Nunes (con Dispensa)
- Italia:
- Collegio Etere
- Collegio Sephiroth
- Collegio Rebis
- Spagna:
- Circolo di studio Rosa Cruz Moisés de León
Le cerimonie rituali del Collegio sono dirette da un Celebrante sostenuto da Ufficiali secondo una struttura definita e gerarchica.
Il Magus Supremo ha il suo Collegio, il Collegio Metropolitano.